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Il est préférable de stocker les documents dans un endroit sécurisé et à l’épreuve du feu sous leur forme originelle. Toutefois, la loi n° 2014-1545 du 20 décembre 2014 relative à la simplification de la vie des entreprises prévoit de renforcer la valeur probante des documents scannés. Les modalités seront définies par arrêté et entreront en vigueur au plus tard à compter du 1er janvier 2016.
Il est possible de conserver une copie électronique, des documents en les scannant au format PDF, et de les archiver sur un espace, cloud par exemple, répondant aux normes de sécurisation en matière d’archivage électronique et garantissant l’authenticité, l’intégrité et la pérennité des documents (Norme NF Z 42-013).
Sur le plan fiscal, l’article 1734 du Code général des impôts dispose que l'absence de tenue, la destruction avant les délais prescrits ou le refus de communiquer les documents soumis au droit de communication est punie d'une amende de 1 500 euros. L’amende est doublée si la situation n’a pas été régularisée sous 30 jours.
Depuis le 1er janvier 2006, l’article 1746 du Code général des impôts précise que quiconque met les agents habilités à constater les infractions à la législation des impôts dans l’impossibilité d’accomplir leurs fonctions est puni d’une amende de 25 000 euros), prononcée par le tribunal correctionnel. En cas de récidive, le tribunal peut prononcer une peine d’emprisonnement de six mois.